Elle quitta Paris le 15 septembre, emmenant avec elle ses deux compagnes de Salamanque, Isabelle des Anges et Béatrix de la Conception qui seraient respectivement sous-prieure et maîtresse des novices. Trois novices françaises les accompagnaient : Marie de la Trinité (d’Hannivel), Françoise de la Croix et Marie de saint Albert, ainsi que deux postulantes qui prendront le nom de Thérèse de Jésus (Mercier) et Catherine des Anges.
Le 21 septembre 1605, fête de saint Matthieu, fut célébrée la première messe et le monastère fut dédié à saint Joseph. Les postulantes venues de Paris, ainsi qu’une dijonnaise, Marie de saint Joseph, prirent l’habit le 30 octobre et, le 1er novembre, Marie de la Trinité, première professe du Carmel de France, prononçait ses vœux solennels.
La nouvelle fondation fut très éprouvée : le 4 octobre la Mère Anne fut malade à en mourir et ne dut sa guérison subite qu’à une intervention de sainte Thérèse ; de plus l’arrivée des trois mères espagnoles alors que la Guerre d’Espagne était à peine terminée souleva d’abord dans la ville une vague de xénophobie, qui se calma peu à peu ; enfin Jeanne Chevrier, ayant voulu elle-même entrer au Carmel, dut être refusée à la profession l’année suivante et son départ entraîna de pénibles différends.